段祺瑞和当时其他军阀一样，也讨了几房姨太太。当时的第四位姨太太，一进门就愁眉不展，原来她已经有了意中人，段祺瑞便吩咐他妻子要像嫁女儿一样，成全她和意中人的婚事。段祺瑞让姨太出嫁的事，在当时传为佳话。
段祺瑞一生没有不动产，这在民国初年的军阀政客中是绝无仅有的。段祺瑞在北京一直是租着房子生活，直到袁世凯以送套房子给他义女的名义（段祺瑞在原配夫人过世后，娶了袁世凯的养女张氏为妻），给了段家一栋房子。这栋房产的原房主是与袁世凯打牌输了40万大洋，才把房子抵押给袁世凯的，可没给房契。等袁世凯一死，房主儿子拿着房契来找国务总理段祺瑞，要收回房子。段祺瑞见人家手中有房契，二话没说，带着一家人搬了家，这栋房子只住了两年。
段祺瑞曾经是全中国的军政首脑，大权在握，自然不缺人给他送东西。但是他从来不收礼，只是遇见最亲近的下属和友人送来礼物、却之不恭时，才会在礼物中挑选一两样最不值钱的东西留下，余者则悉数退还。当时的江苏督军、后来成为汉奸的齐燮元曾送给段祺瑞一件几扇镶嵌着各种宝石的屏风，五光十色，非常惹眼。段祺瑞的家里人都喜欢得不得了，都盼望段能留下这件宝物。谁知第二天再看，宝物不见了，原来段祺瑞一早就派人将屏风归还给了齐燮元。
只有一次例外，段祺瑞将别人送的礼物照单全收，那便是冯玉祥送来的一个大南瓜。1926年6月，段祺瑞欠黎元洪7万元，后因无力偿还被黎告上法庭，这件事足可说明段祺瑞在执政期间确实是一名清廉的官员，没有多少家财。
中国数千年家天下和世袭传统的熏陶，使得位高权重的官员总想要荫及子孙。“一人得道，鸡犬升天”的现象在中国历史上已是屡见不鲜，但是在段祺瑞这里却是个例外。
段家家规很严，夫人和姨太太都不准干预公事。有一位姨太太想替老妈子的亲戚谋个差事，段祺瑞立即气歪了鼻子（段祺瑞在生气时鼻子会歪），表示自己不会做出卖官鬻爵的事情。
段祺瑞的儿子段宏业从小寄养在亲戚家，十几岁才回到段祺瑞身边，小时候由于缺少良好的教育，所以文化水平不算高。不少人劝段祺瑞给儿子在政府部门安排个职位，段都没有答应，在他看来自己的子女们应该靠自己，从最底层做起，一步步上升，不能一下子就做官。胞弟段祺甫来京城求大哥给自己找个官做，段祺瑞也是一口回绝，给了他一些钱回去做买卖。
段祺瑞在下台之后，经济来源减少，为了节省开支，段祺瑞一改从不管家的习惯，亲自过目家中每日的账目。为了减少开销，段祺瑞在英租界47号路租了一套费用较少的住宅。乔迁之后，他连平日里十分喜欢的麻将也不打了，一日三餐都以米粥、馒头、素菜为主，四季均着布衣。公馆的规模也缩小了，厨房里人也少了，当差打杂的加上看门的，不过十来个人，原来太太小姐们每人屋里三四个老妈子也压缩到一两个。直到后来，除留下继妻张氏在身边外，其他姨太太都遣返回合肥老家，以减少开销。
家里时常出现揭不开锅的窘困局面，多亏段祺瑞的一些老部下自愿轮流为段站岗放哨，帮助处理些杂务，这才使得公馆中不至于到了黄叶满阶无人扫的地步。
